Trüffelanbau stellt eine extensive Form der Landnutzung dar. Dennoch sollten gewisse Pflegemaßnahmen auf einer Trüffelplantage durchgeführt werden, um die Gesundheit und Produktivität der Trüffelbäume sicherzustellen. In den ersten Jahren hilft ein regelmäßiges Mähen oder Mulchen der Begleitflora, die Entwicklung der Trüffelbäume zu fördern, indem die Konkurrenz um Wasser und Nährstoffe verringert wird. Bei lang anhaltender Trockenheit müssen die Bäume im ersten Anbaujahr, auf schwächeren Standorten auch im zweiten und dritten Jahr, gegossen werden. Außerdem sollten in den ersten Jahren regelmäßige Kontrollen auf Krankheiten und Schädlinge vorgenommen werden. Treten Wühlmäuse auf, sollten diese frühzeitig bekämpft werden. Andere Pflanzenschutzmaßnahmen sind nur in seltenen Ausnahmefällen nötig.

Mit zunehmendem Alter der Bäume verringert sich der Aufwand zur Kontrolle der Begleitflora von Jahr zu Jahr. Ab dem 6. Jahr etwa sollten einmal jährlich während der Vegetationsruhe Schnittmaßnahmen ergriffen werden, um Äste zu entfernen, die Pflegemaßnahmen, die Ernte der Trüffel oder auch Nachbarbäume behindern. Unter PV-Anlagen ist es notwendig, das Höhenwachstum der Bäume zu begrenzen.

Auf Trüffelbiotopflächen, auf denen nicht die Erzielung von möglichst hohen Erträgen im Vordergrund steht, kann bis auf das Gießen im ersten Jahr auch auf sämtliche Pflegemaßnahmen verzichtet werden. An den natürlichen Standorten in den Wäldern findet schließlich auch keine Pflege statt und dennoch gibt es auch da Areale, auf denen mehr als 5 kg Trüffel auf 100 m² gefunden werden. In Südniedersachsen gibt es eine Plantage, die in den ersten 6 Jahren ohne jegliche Pflege war. Hier wurden im 8. Jahr die ersten Trüffel gefunden und im 13. Jahr über 50 kg pro ha geerntet.